杀死了琴之后的金刚狼心灰意冷之下，在位隐居于加拿大的深山老林，但每日恶梦不断。
在一次与猎人的冲突中，他得到东瀛女子雪绪的帮助，雪绪是罗根二战期间的旧相识矢志田市朗派来的下属，似乎不久于人世的老友渴望死去之间再见罗根一面。
跨越重洋的罗根终于见到了虚弱的矢志田市朗，此时的矢志田市朗已经是个老头子，几乎灯枯油尽的状态了，他找金刚狼的目的根本就不是告别，而是想让金刚狼留下，把他的超能力交换给他。
并且告诉金刚狼，他可以有一般人的生活，可以与爱人一起生活，老去，死亡。金刚狼犹豫那么一下，还是拒绝了老头。在金刚狼拒绝了对方后，矢志田市朗希望他能够保护自己的孙女真理子。随着老人谢世，葬礼上突然战火点燃。
罗根在雪绪的帮助下拼死救出真理子，两人一起逃亡，并因此互生情愫。而矢志田市朗的儿子矢志田信玄似乎另有所图。
在逃亡途中，罗根意外发现他丧失了自愈的能力，金刚狼最大的危机降临。
金刚狼被真理子抱到了旅馆老板那里，找来了老板当兽医的儿子帮他缝合伤口，第二天金刚狼和真理子来到郊区的房子并住下，度过了美好的一天，夜里小狼再次梦到琴葛蕾。
第二天早上起床，金刚狼发现真理子不见，便跑出去找，发现时黑帮将其抓走，由于小狼半残，所以没追上，仅仅杀了一个人。
金刚狼找到雪绪，并让其带着自己去找真理子的未婚夫并发现其正和一群妓女鬼混。
小狼问出原来是真理子的父亲也就是矢志田的儿子为了矢志田企业等政治经济上的原因才让真理子与这个男人结婚由于金刚狼已经爱上真理子，于是极其气愤，将此人扔到了楼下的泳池里。
真理子被带到了他爹手里，因为矢志田将所有遗产都给了真理子，所以他爹想夺权，正在这时，一群忍者包围了房子（是被毒蛇控制的真理子的银武士带来的)。毒蛇与老爹墨迹一会儿并使了毒，然后带走了真理子。
金刚狼和雪绪也到了这里，金刚狼用矢志田治病时用的x光照射自己，发现心脏上趴着一条虫子，于是想开膛破肚抓虫子。
由于雪绪有预见死亡的能力，她担心金刚狼会死（其实就是暗恋），金刚狼没得理她。
便去抓虫子，这时老爹拿着武士刀杀了进来开始和雪绪战斗。过了一会儿金刚狼掏出了虫子，接着就断气了。不过恢复过来的自愈基因将金刚狼救活了过来，救了雪绪，杀了老爹。
根据毒蛇留下的线索，金刚狼和雪绪找到的毒蛇一伙的藏身处，一番搏斗后小狼身中数箭倒地。