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就在杨震率部离开淮南根据地，向苏北疾进的几乎同一时间。因沿江日军封锁，渡江整整晚了半个月才渡江的军部以及主力。也在一月下旬日军沿江封锁缓解后，于苏南渡江。以强行军的速度向北转移。
于二月六日，在苏中部队的掩护之下，顺利抵达盐城新四军苏北指挥部，与杨震所率领的部队以及苏北部队汇合汇合。至二月六日，军部以及皖南部队主力抵达盐城，于一月一日正式开始的皖南部队北移行动宣告结束。
此次转移，皖南部队以伤亡、失踪一千余人，团以上干部牺牲五人的代价，顺利的突出了第三战区八个师重兵的合围和清剿，按照预定计划抵达苏北。虽然抵达苏北的时间比预定的时间整整拖延了大半个月，但不管怎么说，皖南部队主力和精华算是突出来了。
在军部与皖南部队主力抵达盐城的当天，为了与重庆宣布新四军为叛军的舆论相对抗。在皖南部队全部抵达盐城后，由原中原局与东南局组成的新的华东局，宣布重新调整新四军的编制。
新四军原有的支队编制撤销，各支队与南下的十八集团军部队几个纵队统一改编为六个师、一个独立旅。并按照各个师的活动区域，组建了一批二级军区。原淮南军区部队整编为二师兼淮南军区。
原本中央准备将皖江军分区单独划出来，组建皖江军区兼新四军第七师。但在杨震的建议之下，皖江军分区还是放在了淮南军区的建制之内，不过在兵力上得到了加强。由原老三团改编的淮南军区独立团，南下与无为游击纵队、三支队挺进团汇合。
而留在皖南坚持游击的部队，则改编为军分区皖南独立团，在建制上划归皖江军分区指挥。三支队挺进团也做好了准备，随时在必要的时候，渡江南下与独立一团汇合。至于皖南冲出来的老三团，则因为损失过大，暂时留在皖江地区休整、补充。
至于活动在苏中的一师，以及留在苏南坚持的第六师，相隔只不过一条长江的这两个师。杨震建议虽然对外编成两个师，但对内最好还是实行一元化指挥。以便苏中、苏南部队，在作战的时候可以相互的策应。
除了部队变化相当的大之外，整个新四军的统帅机关也做了一定的改变。军长与苏北总指挥分别担任正副总指挥，原中原局第一书记则担任新四军政委，政治部主任、参谋长不变还是由原政治部主任和参谋长担任。
而原本准备随杨震调往东北任东北军区参谋长的原副参谋长，经过慎重的考虑，杨震还是建议在新四军高级指挥人员并不充裕的情况之下，在与新的正副总指挥研究后，上报中央并经过中央的批准，还是继续留在新四军工作。