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会战结束后的一个星期后，杨震在佳木斯军区新的驻地召开了战役总结会，以及下一步的工作部署。所有野战部队旅以上干部，地方部队军分区，除了留一名值班之外，全部按照总部要求参加会议。
在会议上杨震除了对会战中出现的各种问题进行了总结之外，还提出了今冬以及明年开春后，工作发展的目标。实际上杨震将工作计划订到的是自己知道的明年六月份苏德全面爆发当月。因为他也不知道，日本人会不会认为苏德战争爆发，自己外援通道被切断，而自以为有空子可钻。
按照目前形势的发展，杨震决定将部队继续划分为野战军和地方部队。野战军由四个纵队组成，每个纵队下辖四个步兵旅。同时组建军区装甲兵司令部、炮兵司令部以及航空兵司令部。
地方部队报请中央同意后，则组建合江军区以及松江军区、嫩江军区三个二级军区。各军分区不在由总部直属，而是划归二级军区建制。同时为了适应新的形势，军区在对现有各个分区进行一定调整的同时，也将新成立一批军分区。
在军分区调整上，杨震将老根据地的一、二、四三个军分区并入合江军区建制，三分区则并入新成立的松江军区。同时以原伪满滨江省辖区为基础组建五六两个军分区，龙江省辖区组建七八两个军分区。
以牡丹江、伪满东安省辖区组建直属军区建制的东安军分区和牡丹江军分区。而同时将二分区迁移到原伪满黑河境内，原二分区辖区转为一分区建制。牡丹江军分区、东安军分区因为地理位置重要，并不划归任何一个二级军区建制，由总部直属。
按照杨震的要求，地方部队除了在承担地方剿匪、保护工矿企业等重要目标，以及承担地方守备的任务之外，还要承担编制、整训地方武装的职能。在战时，可以直接转化为野战部队。每个军分区除了保留一个建制团的武装之外，还要有组建两个架子团。同时配合各县武装部承担征兵工作。
而两个直属总部的军分区，则是实打实的编组为三个团。这两个军分区，虽然只是旅级建制，但是由于目前战略位置至关重要，所以在所有军分区编制之中，是唯二保持满编建制的军分区。
这两个军分区不仅兵力配置与野战旅相等，而且这两个军分区，炮兵编制也与野战旅相同。同时为了保持对珲春以及伪满吉林省境内的日军保持一定的压力，这两个军分区还将各自编组一个骑兵营。
原本按照杨震的意思，这种直属军分区要编制四个的。除了牡丹江与东安之外，还要编成齐齐哈尔和双城两个军分区。但是在犹豫了一阵子后，还是决定将这两个军分区改为由军区野战部队，以及嫩江军区部队兼任守备任务。